Aquarion激战以来1万2千年后--跨越次元之门"异次元"过来的Abductor把人类拐走，受袭的人类生活在恐惧中。能对抗的只有称为"Aquaria"的合体兵器。其组成的3部Vector战机所搭乘的是学园"NEO DEAVA"所集中起来的Element候补生。但学园男女间因禁止恋爱而被墙壁各自相隔，男女间合体也被禁止。某天，隐藏Element能力孤独生存少年阿马塔，与少女御子乃命运相遇。危机面前就这么抱着少女乘坐Vector阿马塔，无意间叫出了！--被永远地禁止，那句话。其真实姿态明了时，敌我的所有的改变始动。