故事主角科莱丽是个平凡的纽约少女，在酒吧外目睹了一桩神秘谋杀案。除她外的任何人既看不到尸体也看不到行凶者——三个服饰奇特的年轻人。她不知道看见本身就是不可思议——因为凡人本来看不到这些暗影猎人。原来地球存在着一个神秘莫测的地下世界，暗影猎人负责清除为祸人间的地下生物。三个年轻人是从小一起长大的天然猎人，其中有着天使面孔和痞子作风的男孩是杰斯，另外两人伊莎贝拉和阿列克是姐弟。【阿列克一直喜欢着杰斯】。由于科莱丽的妈妈稍后离奇失踪，科莱丽更遭受魔物的追杀，她被迫卷入了杰斯他们的世界。她被告知自己的脑中有一个人为的屏障让她异于常人，而解开的关键在“白骨之城”。四个年轻人踏上旅途，那里不但有科莱丽的身世谜底，更有地下世界传说圣物凡人杯的蛛丝马迹…