“变种人，自从他们的诞生之日起，便背负起了世人的怀疑、憎恶与恐惧。现在整个星球都在争论着：变种人是人类进化的下一环吗？抑或只不过是来与自己分享这个世界的全新人种？！？无论答案是前者或是后者，与其它物种分享世界，从来都不曾是人类的本性……”——身为变种人领袖的X教授，以一番充满感召力的独白，为X战警2气势宏大的故事背景揭开帷幕。　　X战警2的剧情延续了前作的大环境：包括富有正义感的X战警在内的变种人，在普通人的眼中，他们却代表着社会新物种对旧人类的挑战与威胁。潜藏在整个社会中的敌视心态，迫使着X教授和他的X学院，仍旧不得不在一个不信任他们的社会中挣扎求存。　　故事开场紧接着第一集的结尾，“金刚狼”罗根为了找回自己过去的记忆离开了X教授的学校，隐姓埋名前往艾卡里湖Akali Lake工业中心另一边，人类议会正忙于重建在变种人大战中受到重创的自由女神像万磁王则继续在X教授精心打造的塑料监狱中服刑。从表面上看这个世界似乎渐渐回复了正常，但是X战警们没有察觉到，在这个世界的黑暗深处，新的阴谋正在悄悄临近。