当企业号船员被召回基地后，他们发现组织内部有一股不可阻挡的恐怖势力正在破坏舰队和它所代表的一切，把世界再次推向危机边缘。柯克船长遂率领他的船员前往交战世界，去追捕拥有大规模杀伤性武器的那个人。我们的英雄进入了一个生死棋局：在这个棋局中，爱情遭遇挑战、友谊四分五裂，柯克船长还必须作出牺牲，为的是他仅有的家人——他的船员们。