当本季开始的时候，Booth已经蒙冤入狱四个月，无论Booth本人还是他身边的人都受到了极大的情感冲击。Brennan和杰斐逊学院团队竭尽全力帮助他逃过此劫。但是要想让Booth顺利出狱，他们首先要洗清他的罪名并查清这起案件背后的真相，而一具16年前死亡的尸骸有可能成为破解迷局的关键。与此同时，Booth在监狱里的日子很不好过。在等待审判的过程中，Booth意识到他所在的监狱里关押了许多他亲手逮捕的罪犯，危险无处不在。上一季揭示的阴谋已经存在了数十年，Booth和Brennan会阻止它继续存在，但现实情况是，他们不可能和政府作对，有些阴影是永远不会消失的。另一方面，众人惊讶地发现Daisy怀上了Sweets的孩子！