21世纪，超能力者持续增加。他们活跃在军事、外交、经济等各种领域，掌握国际竞争的关键。超能度4以上的约占全体市民的百分之三。其中，日本国内等级最高的超能力者，是?属於日本超能力支援研究局，通称B.A.B.E.L(巴贝尔)底下的『超能少女组』，这个队伍是由超能度7的明石薰、野上葵、三宫紫穗三名少女所组成。
　　在不久的未来，超能力者成为了理所当然的存在，但是他们和普通人之间有着一定的摩擦和矛盾。年轻的天才科学家皆本光一监视这个三名拥有最强超能力的少女，即薰、葵和紫穗。然而，这三人虽然可爱但是性格有些问题…。她们的存在相当危险，如果教育得当，她们将会为日本的未来带来庞大的利益，但若她们与普通人敌对，则将无人能够阻止。因此，她们的现场指挥主任皆本光一的职责就是，将她们导向正确的方向，并且避免预言中将会爆发的「普通人与超能力者的最终战争」。然而，皆本是否能导正她们，及时阻止预知的战争爆发呢？