在幕府末期的动乱中，出现了一位被称为“刽子手拔刀斋”的爱国志士。随着新时代的到来，这个男人从公众的视野中消失，成为了一个被称为“最强”的传说。时光荏苒——明治十一年，东京老区。腰间佩着逆刃刀、发誓不杀人的旅行剑客绯村剑心，遇见了“神谷活心流“的代理师父神谷薰。在解决了伪装活心流的试斩武士“刽子手拔刀斋”案件后，剑心最终与薰住在一起。之后，剑心还结识了东京府士族的明神弥彦和自称是格斗家的相乐左之助等人。同时，他也要面对过去的宿敌。